1、缺少合法批准的总体规划及控规作为出局规划条件的依据；

2、从目前成立自然资源局后，项目联合预审及多次项目会商中，合规性意见难以达成一致；

3、突破规划的工业项目增多，不符合规划的房地产项目都不断涌现；

4、周边及上级部门对违反城乡规划出具规划条件的情况监督逐步加强；

4、自然局作为主管部门后，原有住建部门出台的相关政策难以执行，比如用地分类，两个部门不一致，很难协调；

5、坐标系目前尚未统一，各类成果及红线难以整合，在选址、用地预审、用地批准、产权登记等环节变动较多；

6、涉及土地收储、土地征用矛盾多；

7、自2018年底省厅新用地标准出台后，关于容积率、建筑密度、建筑系数、绿地率等方面冲突较大，且较大概率出现两个部门规定无交集；

8、涉及到容积率等调整，两个部门有不同的规定，具体操作上有较大冲突。