最近遇到一家工业企业，2006年已经办理了建设用地规划许可证，其中容积率为≤1.1，建筑密度≤45%，绿地率12%-20%，指标与土地出让合同上的规划条件一致，后来办理了土地使用权证，并办理几栋厂房的建设工程规划许可证。目前企业因业务发展，需要对厂区内进行重新规划，为满足生产需要，容积率拟提高到1.5。根据《江苏省城乡规划条例》中第36条：
改建、扩建已经建成并投入使用的建设项目，涉及改变原规划确定的用地性质或者提高容积率的，建设单位或者个人应当持有关主管部门的项目批准、核准、备案文件和相关材料，向城市、县城乡规划主管部门重新申请建设用地规划许可证。涉及相关国有土地使用权划拨或者出让事项的，还应当按照土地管理等法律、法规的规定办理有关手续。
因此规划局觉得应该先函告国土局，先行按照土地管理等法律、法规的规定办理有关手续。结果国土复函告知规划局根据《国务院关于促进节约用地的通知》（国发【2008】3号精神，对现有工业用地，在符合规划、不改变用途的前提下，提高土地利用率和增加容积率的，不再增收土地价款，认为该企业可以按规定增加容积率。但通过何种途径增加容积率呢？国土局是不是需要对原有土地出让合同中进行变更呢？国土的意见很明确，不需要。

这样就带来一个问题，根据《城乡规划法》第38条：以出让方式取得国有土地使用权的建设项目，在签订国有土地使用权出让合同后，建设单位应当持建设项目的批准、核准、备案文件和国有土地使用权出让合同，向城市、县人民政府城乡主管部门领取建设用地规划许可证。

所以无论从哪个角度来看，即使是重新申领建设用地规划许可证，还是要把国有土地出让合同作为重要收件资料，指标的不统一，到底怎么处置？

针对这种情况到底如何办理建设用地规划许可证呢？